－1細胞完全長トータルRNAシーケンス法の開発に成功－ 要旨 理化学研究所（理研）情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニットの林哲太郎センター研究員、尾崎遼基礎科学特別研究員、二階堂愛ユニットリーダーらの研究チーム ※ は ...

皆さんは日々増加するRNA-seqデータの解析に、どのようなツールを使っていますか？ 従来のツールでは複数サンプルを同時に分析する際に精度や効率の問題を抱えていませんか？ 本記事では、機械学習を活用した次世代RNA-seqアセンブラー「Aletsch（アレッチ ...

理化学研究所（理研）生命医科学研究センタートランスクリプトーム研究チームのアレッサンドロ・ボネッティ客員研究員、ピエロ・カルニンチチームリーダーらの研究チームは、細胞核内のRNAとゲノムDNA（クロマチン[1] ）の相互作用をゲノム全体で調べる ...

次世代シーケンサーの普及により、RNA-seq（RNA sequencing）は生命科学研究において必須のツールとなりました。 この技術は、ある条件下での細胞や組織の転写活性の全体像を捉えることができ、新しい転写産物の発見や選択的スプライシングの検出、遺伝子 ...

シングルセルRNA-seqデータからもとの細胞種を同定する、深層学習を用いた新しい手法scDeepInsightを提案しました。 1細胞ごとの発現データを前処理後に画像化することにより、深層学習が持つ画像分類や特徴抽出の利点を最大限に活用できます。それに ...

ヒトゲノムはさまざまなRNA種をコードしているが、解明されていないものが多い。それらを既存のゲノムツールを用いて特定することは、いまだ困難だからである。本論文では、ほぼ全ての入力試料においてRNAポリメラーゼの位置をマップできるChRO-seq ...